정부는 대학의 연구환경을 개선하기 위해 정부연구개발비 중 간접경비 비율을 현행 최대 15%에서 20%까지로 확대한다고 밝혔다. 과학기술혁신본부는 대학의 애로사항을 해결하기 위해 정확한 실태 파악을 바탕으로 합리적 대안을 마련키로 하고, 그 동안 교육부에 의뢰하여 대학별 간접경비 비율을 실사토록 하였으며, 회계전문가단에 의한 심의를 거쳐 '간접경비산출위원회'에서 2007년도 대학 간접경비 비율을 20%까지 확대하기로 의결하였다.
- 대학에 지원하는 연구비의 간접경비 비율이 확대됨으로써 제한된 연구비 내에서 연구수행자들이 사용할 수 있는 부분이 다소 적어지는 상황이 발생할 수 있으나, 연구비 사용의 합리성을 확보하고 대학의 연구환경을 선진화함으로써 연구의 효율성이 향상될 것임.
- 간접경비의 확대지원과 더불어 간접경비를 직원성과급이나 국가연구사업 수주에 따른 대응자금으로 사용하는 사례가 적발될 경우 다음년도 간접경비 비율 산정에서 불이익을 주는 등 간접경비 관리를 철저히 해 나갈 계획임.
- 대학지원 연구사업 중 우수연구센터(SRC/ERC), 국가핵심연구센터(NCRC), 기초의과학연구센터(MRC) 등 3개 기초연구사업에 대하여 대학 및 연구자의 자율성 확대를 위해 대응자금(Matching Fund) 제도를 2007년도 사업부터 폐지하였음. 매칭펀드 제도를 운영하는 교육부, 산자부, 정통부 등 관련부처와 지속적인 협의를 통해 개선방안을 도출하여 시행할 계획임.